Princip „pokrivanje troškova“ se odnosi na formiranje cijene usluge vodoopskrbe/vodosnabdijevanja na način da ista uključi sve odnosne troškove ove vrste usluge. Njegova temeljna osnova jeste želja za dostatnošću prihoda, koji bi osigurali dugoročnu stabilnost i opstojnost komunalnog poduzeća koje vrši pružanje odnosnih usluga.

Princip „pokrivanje troškova“ je deklarativno zastupljen u BiH praksi. Problem ipak postoji i odnosi se na razumijevanje termina „svi troškovi“. U BiH praksi se ovaj princip često provodi na način da se uključuju operativni troškovi i samo dio realnih troškova amortizacije, jer vodovodna i kanalizacijska mreža i infrastrukturni objekti nisu u cijelosti zavedeni u knjizi osnovnih sredstava. Time se zanemaruju troškovi investicijskog održavanja kao i troškovi kapitalnih investicija koji bi služili proširenju mreže ili unaprjeđenju usluge putem nabave nove infrastrukture, te mogući oportuni ili indirektni troškovi kao što su npr. troškovi resursa ili eventualne štete po životnu sredinu.